Cuando se crea la Escuela Normal Superior Garzón Agulla en 1942, se incorpora a la misma el Museo de Ciencias Naturales Florentino Ameghino que dependía del Consejo General de Educación y funcionaba desde 1938. A lo largo de los 73 años de existencia de la escuela este museo ha funcionado como un espacio de aprendizaje para sus alumnos y para toda la comunidad de Córdoba. Cuenta con colecciones de animales taxidermizados, mapas en relieve, cajas entomológicas y botánicas, colecciones de rocas, minerales y fósiles. También cuenta con mobiliario, documentos, obras de arte y otros objetos que hacen a la larga historia de la institución.
Está pensado como un recurso para trabajar articuladamente con las aulas de la ENSAGA, pero también con otras escuelas y con la comunidad en general. Se abre como espacio de encuentro con el otro, de diálogo con los saberes y de participación colectiva.